L'hôpital est organisé en pôles d'activité. Les pôles d'activités visent à l’amélioration du parcours du patient et permettent une prise en charge pluridisciplinaire beaucoup plus fluide pendant la durée des séjours. A la tête de ces pôles, un médecin responsable est chargé de coordonner le travail des équipes médicales et paramédicales.
Beaujon compte quatre pôles médicaux et un pôle médico-technique.
Pôle des Maladies de l'Appareil Digestif Pôle Médecine
Pôle Tête-Cou-Rachis Pôle Urgences-Proximité-Réanimation-Maternité
Pôle Biologie-Imagerie-Pathologies-Pharmacie
